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Predictor Outcome metal Damaging (score: 0.8606) REVEL Pathogenic (score: 0.6129) DEOGEN2 Damaging (score: 0.6196, 0.7482) FATHMM Damaging (score: −3.44) M-CAP Damaging (score: 0.1732) MVP Pathogenic (score: 0.9976) MutPred Pathogenic (score: 0.935) Mutation assessor High (score: 3.86) PROVEAN Damaging (score: −3.02, −3.49) SIFT4G Damaging (score: 0.002, 0.003) PolyPhen2 HDivPred = probably damaging (score: 0.986)/HVarPred = possibly damaging (score: 0.898) EIGEN Neutral (score −0.1586) LRT Neutral (score 0.06347) Mutation taster Polymorphism (score: 0.9774) PrimateAI Tolerated (score 0.3522) 4.2. HSD3B2 c.308-6 G>A. MaxEnt: −67.1% 5. Discussion. The first variant found in the two siblings was inherited from the healthy father and was on exon 4 (c.370 A>G), resulting in a missense mutation leading to the change of serine in position 124 to a glycine. The in silico analysis revealed a probable damaging effect of this variant: residue p.Ser124 indeed is highly conserved among species and seems to be located in the catalytic site of the enzyme, playing a pivotal role in NAD(H) binding to its substrate [20]. The first reaction during the conversion of steroid precursors is, in fact, the oxidation of the 3β-hydroxyl group to the ketone by the dehydrogenase activity, a process during which NAD+ is reduced to NADH. The intermediate Δ5,3-ketosteroid remains bound to the enzyme with nascent NADH, and the actual presence of NADH in the cofactor-binding site leads to the activation of the Δ5-Δ4-isomerase activity [5,7]. Black zord.
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